نظام بانکی ایران، در سال‌های اخیر با تنوعی از چالش‌ها روبرو بوده است. روش‌های مختلف و گاه مغایری در برخورد با این چالش‌ها پیشنهاد و گاهی نیز در پیش گرفته شده است. نویسنده مقاله، بر این اعتقاد است که شناخت دقیق مشکلات و تشخیص صحیح نشانه‌ها از علل و ریشه‌های مشکلات، برای مواجهه با آن‌ها واجد اهمیت است. بر این اساس، در این مقاله پس از مروری بر مطالعات قبلی در زمینه چالش‌های نظام بانکی با بهره‌گیری از تجربیات سال‌های اخیر ضمن شناسایی و معرفی چالش‌های مهم نظام بانکی، با نگاه نهادگرایی جدید، به تبیین ریشه‌های نهادی مؤثر بر هر کدام از آن‌ها می‌پردازد. براساس نتایج این پژوهش، چالش‌های اصلی نظام بانکی مشتمل بر: افسارگسیختگی سود بانکی، شبهه غیر شرعی بودن عملیات بانک‌ها، بدهکاران معوق، رشد مازادبرداشت‌های بانک‌ها، سوء تخصیص منابع به تولید، ضعف نظارت بانک مرکزی بر بانک‌ها، مشکلات ساختار و تقسیم وظایف بانک، نواقص نظام‌های اطلاعاتی، نواقص در ابزارها و سیاست‌های پولی و قوانین مداخله‌گر در امور بانک، است. با استفاده از مدل ویلیامسون، در آغاز، نشانه‌های بارز این چالش‌ها تبیین و سپس، علل ریشه‌ای آن‌ها در سه سطح حکم‌رانی، ساختارهای نهادی و انگاره‌ای(دستگاه معرفتی)، تشریح شده‌اند؛ که به‌طور خلاصه شش عامل در بالاترین سطح، به انگاره‌ها و فرهنگ مرتبط است، بیست و هفت عامل به لایه‌ی ساختار نهادی و بیست و نه عامل به لایه‌ی قابلیت حکم‌رانی مرتبط می‌شوند. این عوامل در صحنه‌ی عمل منجر به ظهور سی و پنج نشانه (مساله ) در نظام بانکی کشور شده‌اند.
)